MIB Alien Crisis é um jogo de ação em terceira pessoa, baseado no mundo de Homens de Preto. No jogo, o personagem luta com uma variedade de alienígenas com diversas armas retiradas e inspiradas no universo MIB. Também investiga objetos no ambiente e conversa com outros personagens para descobrir como irá completar a missão.
O jogador se infiltra através de ambientes e em diferentes níveis para derrotar inimigos secretamente e completar as missões. Em certas missões, o jogador poderá usar o “MIB car” e sobrevoar as ruas atirando nos inimigos alienígenas. Em MIB, o jogador assume o papel de Peter Delacouer, um brilhante arqueólogo que se transformou num ladrão de artes banido da comunidade de arqueologia por acreditar em alienígenas.
