Para que o confronto não seja gratuito, a produtora, em parceria com a DC, criou uma história que explica a fusão, na qual os universos de "Mortal Kombat" e da DC se misturam após um grande cataclismo. Neste ambiente hostil, de heróis e vilões, novas alianças são forjadas. O jogo se divide em dois pontos de vista, um para cada universo, colocando diversos personagens clássicos e familiares para uma disputa de vida ou morte.
Ainda que o jogo traga um certo nível de violência, não espere pela quantidade exagerada de sangue e os tradicionais fatalities típicos de "Mortal Kombat". Afinal, nos quadrinhos, Batman e cia. nunca foram tão brutais quanto a trupe de Sub-Zero. Contudo, "Mortal Kombat Vs. DC Universe" promete tantas novidades que os fãs nem sentirão falta dos violentos fatalities.
