LEGO Batman 2: DC Super Heroes traz algumas diferenças que o contrastam com os títulos predecessores da franquia, onde, pela primeira vez na série, os personagens são dublados, em vez de utilizarem apenas mímicas e expressões faciais para se comunicar durante as cenas de transição, o que aumenta a imersão e o entendimento da história, principalmente para o público infantil.
O game também renova o ar de Gotham City ao trazer uma série de outros heróis e vilões do universo DC, em uma trama envolvendo a união do Coringa com Lex Luthor em um plano maléfico. A partir daí, Batman e Robin juntam-se com Superman, entre outros membros da Liga da Justiça, para salvar o mundo mais uma vez.
