Ben Tennyson tem agora 15 anos e se torna um líder usando seu poderoso Omnitrix novamente. O vovô Max está faltando e Ben precisa da ajuda de Gwen e Kevin para encontrá-lo. Ben tem 10 novos alienígenas, incluindo Swampfire, Goop e Jetray. Para lutar contra os Soberanos e impedi-los de tornar os humanos extintos e destruir a Terra.
A jogabilidade é fluida e a ação moderada. O jogador poderá lutar como Ben, um garoto com habilidades marciais inatas, ou com uma das cinco formas alienígenas: Fogo do Pântano, Humongousauro, Grande Frio, Raio Ajato e Macaco Aranha.E cada uma delas tem sua propria transformação.
