A trama do game se passa dois meses depois de Killzone, na qual a maior parte sul de Vekta está sobre o controle de Helghast. Todas as regras da guerra são deixadas para traz quando o General Helghast implanta medidas ainda mais brutais, tomando iniciativa fortalecendo sua posição. O jogador fica no papel de Jan Temlar em uma missão secreta para salvar os reféns capturados por Metrac.
O game apresenta uma visão isométrica de cima para baixo, dando um toque mais estratégico para a série Killzone. O jogador controla Jan Templar podendo controlar vários veículos, torres de metralhadoras pesadas, tanques, um hovercraft e uma jetpack. Em alguns níveis Templar pode ter um companheiro nas missões, podendo ser companheiros de sua equipe como Rico e Luger ou pessoas que são resgatadas.
